Бывший министр здравоохранения Дагестана Ильяс Мамаев, занимавший эту должность до 2013 года, назначен директором ТФОМС.
С декабря 2018 года директором фонда был Андрей Карпеев, назначенный вместо арестованного Магомеда Сулейманова, которого обвиняют в создании преступного сообщества (ч.3 ст. 210 УК РФ) и мошенничестве (ч. 4 ст. 159 УК РФ).