В течение всего периода работы Омарова на посту заместителя министра внутренних дел республики обстановка в Дагестане была сложной. До 1999 года руководители чеченских сепаратистов пытались втянуть Дагестан в вооруженную борьбу против России, а затем - перенести на его территорию боевые действия.
Генерал Омаров был одним из наиболее последовательных и непримиримых борцов против политической и уголовной преступности. Все крупные спецоперации против террористического подполья готовились и проводились под его руководством. Имя генерала вызывало ненависть у террористов.
В мае 2003 года на жизнь генерала было совершено покушение - был взорван фугас на пути следования его автомобиля, 
Омаров был ранен и контужен. Второе покушение оказалось роковым - 2 февраля 2005 года в Махачкале автомобиль генерала был расстрелян группой террористов из автоматов. Магомед Омарович и трое сотрудников милиции, бывших в машине, погибли на месте.
За мужество и героизм, проявленные при выполнении служебного долга, Указом Президента Российской Федерации № 1276 от 8 ноября 2005 года генерал-майору милиции Омарову Магомеду Омаровичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно).
Похоронен в родном селе Мекеги Левашинского района. В Мекеги и в Махачкале герою воздвигнуты памятники. Бюст героического генерала возвышается на постаменте на пересечении улиц имени Магомеда Ярагского и названной в его честь улицы Магомеда Омарова.
В 2006 году в Махачкале вышла документальная книга Фазу Алиевой "Генерал по чину, солдат по долгу" о генерале Магомеде Омарове.
